A la suite des décrets :

-        N° 2004/320 du 8 décembre 2004 portant création du MINEP,

-       N° 2005/117 du 14 avril 2005 portant organisation du MINEP,

-       N° 2005/496 du 31 décembre 2005 modifiant les dispositions du précédent décret,

Le MINEP est créé, organisé et réorganisé. Sa principale mission est l'élaboration, la mise en œuvre et le
suivi de la politique environnementale et de la protection de la Nature. A ce titre, il est en charge de la coordination et du suivi des interventions des organismes de coopération régionale ou sous régionale en matière d'environnement.

La mise en œuvre de cette mission implique la définition de mesures de gestion rationnelle des ressources naturelles, la sensibilisation des populations en vue de susciter leur participation à la gestion, à la protection et à la restauration de l'environnement, la négociation et le suivi de la mise en œuvre des conventions et accords internationaux relatifs à la gestion de l'environnement ainsi que la lutte contre la pollution sous toutes ses formes.

Les missions du MINEP découlent du statut que lui confère son décret de création. Elles sont influencées par le contexte national et international en matière de protection environnementale et de, ce fait, sont dynamiques. Selon les problématiques du moment, le MINEP détermine les axes prioritaires qui vont guider son action. Seulement, le Ministère ne dispose pas d'un document de politique générale. Au mois de septembre 2008, la stratégie du Ministère pour l'année 2008 était toujours en cours d'élaboration. Néanmoins, pour l'année 2009, le MINEP a défini un programme qui intègre six axes en rapport avec les recommandations contenues dans le DSRP à savoir :

• Amélioration de la gestion environnementale des écosystèmes et conservation de la diversité biologique ;
• Promotion de la coopération internationale en matière d'environnement et de protection de la nature ;
• Sensibilisation des populations à la restauration de l'environnement ;
• Gestion des pollutions et prévention des catastrophes et risques naturels ;
• Promotion de l'environnement urbain et développement industriel écologiquement durable,
• Développement et renforcement des capacités institutionnelles et des ressources humaines.

Pour le programme 2009-2013 le MINEP s'est assigné, au niveau sectoriel, quatre (4) objectifs qui vont orienter ses actions :

• Gérer durablement les écosystèmes et conserver la biodiversité ;
• Gérer les pollutions, prévenir les risques et catastrophes naturelles ;
• Promouvoir la coopération internationale en matière d'environnement et de protection de la nature ;
• Développer et renforcer les capacités institutionnelles et les ressources humaines.

De ces objectifs sectoriels découlent les objectifs ministériels suivants :

• Gérer l'environnement des activités forestières et lutter contre l'exploitation illégale des ressources naturelles
• Gérer durablement les écosystèmes marins et côtiers et les eaux continentales ;
• Gérer et conserver la diversité biologique ;
• Prévenir les catastrophes et les risques naturels ;
• Lutter contre les pollutions et les nuisances ;
• Promouvoir la coopération internationale par la mise en œuvre et le suivi des Accords et Conventions Internationaux.

Ces deux groupes d'objectifs sont regroupés en programmes et en projets. Ces programmes visent globalement trois objectifs globaux en cohérence avec la politique intégrale du gouvernement :

• Lutter contre la pauvreté par une gestion et une protection durable de l'environnement ;
• Sauvegarder les écosystèmes pour assurer une exploitation durable et une gestion rationnelle des ressources naturelles ;
• Assurer un environnement sain pour la santé humaine et animale par la mise en oeuvre des conventions internationales et l'application des lois nationales.

Les missions du MINEP dénotent du souci du Gouvernement d'honorer ses engagements internationaux, d'assurer aux populations un cadre de vie sain et d'anticiper sur les besoins des générations futures en termes de ressources naturelles.